Die Creator-Software kennt keine Updates von FlipBooks. Jedes mal wenn ein Output erzeugt wird, wird das FlipBook als neues Objekt betrachtet. Jedes FlipBook (und damit auch jede neue Version eines neuen FlipBooks) bekommt eine eindeutige Book-ID (32 stelliger Code aus Buchstaben und Zahlen). Einige Inhalte des FlipBooks sind untrennbar an die Book-ID gekoppelt um einen Missbrauch der Daten zu verhindern. Dementsprechend kann es zu Problemen führen, wenn zwei Versionen eines FlipBooks gemischt werden, bei einem Update also nur einige Dateien überschrieben werden und andere nicht.